[Hoppa över navigeringen]

Statistisk genetik

Högskolepoäng: 7,5; Betygsskala: TH Nivå: A (Avancerad nivå)
Undervisningsspråk: Kursen ges på begäran på engelska. Kursen är lämplig för utbytesstudenter.
Kursansvarig/a: Studierektor Anna Lindgren
E-post: anna@maths.lth.se
Förutsatta förkunskaper: En grundkurs i matematisk statistik samt någon kurs i stokastiska processer.
Prestationsbedömning: Hemtentamen under kursens gång samt obligatorisk närvaro på laborationerna och muntlig projektredovisning. Kursbetyget utgörs till 90% av hemtentamen och 10% av projektet.
Förstagångstentamen i ordinarie tentamensperiod: Nej. Omtentamen i omtentamensperiod: Nej.
Hemsida: http://www.maths.lth.se/matstat/kurser/fms160mas235/
Övrig information: Kursen ges även på naturvetenskaplig fakultet med koden MASM20.

Syfte

På ett såväl teoretiskt som praktiskt sätt lära studenterna de mest grundläggande statistiska metoderna inom genetisk epidemiologi.

Kunskap och förståelse

För godkänd kurs skall studenten:

• vara förtrogen med grundläggande begrepp inom genetik och molekylärbiologi, och kunna relatera dessa till matematiska modeller, speciellt inom genetisk epidemiologi
• kunna förklara de grundläggande principerna bakom kopplings- och associationsanalys, relatera metoderna till varandra och förstå deras möjligheter och begränsningar
• ha utvecklat sin förmåga att bygga på och tillämpa metoder från tidigare kurser i matematisk statistik i ett genetiskt sammanhang

Färdighet och förmåga

För godkänd kurs skall studenten:

• utifrån ett datamaterial och en problemställning inom genletning, kunna välja metod, utföra beräkningarna och värdera resultatet
• kunna använda ett befintligt datorprogram/programpaket för att analysera data inom genetisk epidemiologi
• kunna muntligt presentera resultatet av en undersökning i genetisk epidemiologi
• kunna redovisa tillvägagångssätt och slutsatser vid lösning av ett problem i genetisk epidemiologi
• i skrift kunna använda statistiska termer inom ämnesområdet
• ha fått erfarenhet av att arbeta med problemlösning i en mindre grupp.

Innehåll

Kursen tar upp olika sätt för att med hjälp av statistiska metoder finna gener för ärftliga sjukdomar hos människan, dvs lokalisera deras kromosompositioner med avseende på det mänskliga genomet.

Initialt presenteras en introduktion till statistisk genetik innehållandes t.ex. grundläggande definitioner från genetikens värld. Efter detta så behandlas de olika teoretiska områdena parametrisk och icke-parametrisk kopplingsanalys samt associationsanalys.

Litteratur

Ziegler, A., König, I.: A Statistical Approach to Genetic Epidemiology. Wiley-VCH 2006. ISBN 978-3-527-31252-8

Läroplaner

Program	Specialisering	Ges som	Ingår i ÅK
Pi:Teknisk matematik	ALLM:Allmän inriktning Pi	Valfri	4
Pi:Teknisk matematik	bm :Biologisk och medicinsk modellering	Valfri	4

Timplaner

	HT 2008 lp 1					HT 2008 lp 2					VT 2009 lp 1					VT 2009 lp 2
	F	O	L	H	S	F	O	L	H	S	F	O	L	H	S	F	O	L	H	S
Alla	-	-	-	-	-	20	24	12	-	56	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-

Statistical Genetics

Higher education credits: 4,5 Grading scale: TH Level: A
Language of instruction: The course will be given in English on demand. The course is suitable for exchange students.
Course coordinator/s: Anna Lindgren, Director of studies
E-mail: anna@maths.lth.se
Recommended qualifications: A basic course in mathematical statistics and an additional course in stochastic processes.
Assessment: Home exam, compulsory computer exercises, and oral project presentation. The course grade is based 90% on the home exam and 10% on the project presentation.
Home page: http://www.maths.lth.se/matstat/kurser/fms160mas235/
Further information/Transitional rules: The course is also given at the faculty of science with the code MASM20.

Aim

In a theoretical as well as practical way teach the student the most fundamental statistical methods in genetic epidemiology.

Knowledge and understanding

For a passing grade the student must:

• be familiar with basic concepts of genetics and molecular biology, and be able to relate those to mathematical models, particularly in genetic epidemiology,
• be able to explain the basic principles of linkage and association analysis, relate the methods to each other, and understand their advantages and limitations,
• have developed the ability to extend and apply methods from previous courses in mathematical statistics, in a genetic context.

Skills and abilities

For a passing grade the student must:

• given a proper data set and a well defined problem within genetic mapping, be able to choose method, perform the calculations and evaluate the result,
• be able to use existing software to analyse data within genetic epidemiology,
• be able to orally present the result of a minor project in genetic epidemiology,
• be able to present the line of actions and conclusions in solving a problem in genetic epidemiology,
• be able to, in writing, use subject-specific statistical terms and arguments in a proper way,
• have gained experience to collectively, in a small group of students, work with project-based problem-solving.

Contents

The course covers methods for using statistical methods in gene mapping for human hereditary diseases, i.e. localising corresponding chromosome positions in the human genome.

Initially, an introduction to statistical genetics is presented, including genetical definitions. Secondly, theory and methodology within the fields of parametric- and nonparametric linkage analysis and association analysis are discussed.

Literature

Ziegler, A., König, I.: A Statistical Approach to Genetic Epidemiology. Wiley-VCH 2006. ISBN 978-3-527-31252-8